Cuộc điều tra về cuộc khủng bố tại Mumbai cũng đi vào tình trạng khôi hài khi giới chức an ninh đòi phải thả một trong hai người bị cảnh sát bắt, nói rằng người này là một nhân viên chống khủng bố hoạt động ngầm. Ngoài hai người vừa bị bắt giữ, giới hữu trách Ấn Độ cũng giam giữ kẽ sống sót duy nhất trong số các tên khủng bố tham dự cuộc tấn công. Căn cứ theo kết quả thẩm vấn, giới chức Ấn Độ nói rằng người này thuộc nhóm khủng bố Lashkar-e-Toiba. Phía Ấn Độ tin rằng tổ chức này đã được cơ quan tình báo Pakistan tài trợ và huấn luyện để mở ra các cuộc tấn công gây rối cho chính quyền New Delhi trong cuộc tranh chấp lãnh thổ trong vùng Kashmir. Ngày 7/1, 2009 sau hơn 1 tháng phản đối, chính phủ Pakistan đã xác nhận Azam Amir Kasav, thủ phạm bị bắt, là người mang quốc tịch Pakistan.